«Индекс волшебства» переносит зрителей в Академия-Сити, передовой технологический город, расположенный на западе от Токио. Здесь научные открытия привели к появлению эсперов, людей со сверхъестественными способностями. Однако в этом мире также существует магия.

Главный герой сериала, Тома Камидзё, — ученик Академия-Сити с необычной правой рукой. Она обладает силой, известной как «разрушитель воображения», которая аннулирует любую магию или способность эсперов, к которой прикасается. Ирония судьбы заключается в том, что собственная удача Томы также аннулируется его правой рукой.

Однажды Тома находит на перилах своего балкона повешенную девушку в монашеских одеждах. Это Индекс, монахиня из Несессариуса, секретного магического подразделения Церкви Англии. В ее разуме запечатаны 103000 запрещенных церковью книг.

Встреча Томы с Индекс и его уникальная правая рука втягивают его в конфликт между магами и эсперами, который выходит за рамки его понимания. По мере того как он углубляется в этот мир, Тома сталкивается с могущественными врагами, раскрывает скрытые истины и узнает о своей собственной судьбе.

«Индекс волшебства» — это захватывающая история о столкновении науки и магии, о силе веры и о судьбе тех, кто оказался втянутым в войну между двумя мирами. Персонажи сериала сталкиваются с трудным выбором, их лояльность подвергается испытанию, а их собственное понимание добра и зла размывается.