«Мобильный воин Гандам: Единорог» — это эпическая и захватывающая история, которая разворачивается в обширной и хорошо проработанной вселенной Гандам. Действие происходит в 0096 году вселенского века, через три года после событий «Мобильного воина Гандам: ответный удар Чары» и за 27 лет до начала «Мобильного воина Гандам F91».

Главный герой, Банаджер Линкс, — студент Академии Анахайм, который ведет относительно беззаботную жизнь. Однако все меняется, когда он встречает таинственную девушку по имени Одри Берн. Одри оказывается вовлеченной в борьбу между Земной Федерацией и террористической группировкой The Sleeved, которая стремится завладеть «Ящиком Лапласа», предметом, который, как говорят, содержит информацию, способную подорвать основы человеческого общества.

Банаджер оказывается втянут в этот конфликт, когда он становится пилотом Гандама RX-0 Unicorn, мощного мобильного робота, который обладает способностью превращаться в режим Разрушения, высвобождающий его истинную силу. По мере развития истории Банаджер должен столкнуться со сложными моральными дилеммами и принять трудные решения, которые могут повлиять на будущее всего человечества.