Аниме "Девочка-динозавр Гауко" рассказывает историю мальчика по имени Сэки-кун, который обладает уникальной способностью устраивать разнообразные активности за партой, не привлекая внимания учителя. Он умеет играть в сложные игры, строить механизмы, играть с кошками и многое другое. Его одноклассница, Йокой, часто интересуется его занятиями, хотя в итоге она всегда оказывается крайней и получает наказание от учителя. Аниме исследует динамику отношений между йокой и Сэки-куном, их увлечения и взаимодействие в школьной среде, а также школьные и повседневные моменты с юмором и нотками фантазии и оригинальности.