Аниме "Добро пожаловать в класс превосходства" рассказывает о старшей школе Кодо Икусэй, которая считается престижным учебным заведением, обещающим своим выпускникам успешное поступление в университет или высокооплачиваемую работу. Школа приветствует индивидуальность учеников, позволяя им носить любые прически и приводить личные вещи.

Однако этот райский подход к школе распространяется лишь на учеников с высокой успеваемостью, в то время как другие, имеющие низкие оценки, попадают в класс D, где начинается их учебный путь. Главный герой, первокурсник Киётака Аянокоджи, оказывается в этом классе и постепенно вливается в школьную жизнь. В процессе он заводит новые знакомства, меняет свое отношение к учебе, а его положение в школе начинает постепенно меняться. Аниме представляет рассказ об адаптации, дружбе и стремлении к изменениям в условиях жесткой школьной иерархии.