В аниме "Добро пожаловать в класс превосходства 2" ученики завершили экзамен на необитаемом острове и получили возможность отдохнуть на круизном лайнере. Однако вскоре объявление о начале нового и необычного экзамена приводит к перемешиванию и распределению учеников всех четырёх классов первого года по группам, что вносит непредсказуемость и напряжение в обстановку. В то время как другие классы начинают активно действовать, класс 1-D, страдающий от недостатка сплочённости, оказывается в затруднительном положении.

Ученики класса 1-D, колеблющиеся между доверием и подозрениями, вынуждены столкнуться с новыми испытаниями и вызовами, которые ставят под вопрос их сплочённость и дружбу. В этом недавно объединенном коллективе возникают конфликты и напряженные отношения, и студенты вынуждены искать способы разрешения внутренних конфликтов и нахождения истины, чтобы пройти экзамен с наилучшим исходом для своего класса.