Аниме "Королева со скальпелем" рассказывает о судьбе императрицы Элизы де Клоранс, чье эгоистичное и самовлюбленное поведение влекло за собой вражду богов. В итоге она подвергается мучительной смерти, но в последний момент испытывает раскаяние и получает шанс на перерождение. Таким образом, ее душа перерождается в теле Сон Джихён – талантливого хирурга с мировым именем. Однако судьба вносит новый поворот, когда Сон Джихён погибает в авиакатастрофе, и ее душа возвращается в тело молодой Элизы.

Проснувшись утром в теле юной аристократки, Элиза осознает, что обладает уникальными медицинскими знаниями, которые она решает использовать для спасения жизней. Она также ясно видит свою дальнейшую судьбу в роли императрицы. Однако, осознав свои прошлые ошибки, она стремится избежать того, чтобы ее судьба повторилась, и начинает действовать, чтобы изменить свою судьбу и окружающий мир. Один из ключевых шагов – построить больницу, где она сможет проявить свой хирургический опыт и помогать людям. Однако на ее пути стоят различные препятствия, включая ухаживания принца Линдена и собственные внутренние страхи и сомнения. Аниме следит за ее борьбой, пытаясь избежать превращения в злобную императрицу, и ее попытками воплотить в жизнь свои благие замыслы.