Аниме "Шангри-Ла" разворачивается в середине 21 века, во время глобального потепления и разрушительного землетрясения, приведшего к тому, что Токио превратился в "городские джунгли". Башня "Атлас" стала убежищем для богатых и привилегированных, но также скрывает древние тайны, которые вызывают неожиданные события. В условиях дефицита кислорода городская башня становится главным поставщиком кислорода на мировом рынке.

Кунико Ходзё и ее банда оказываются в эпицентре событий и вынуждены бороться за выживание и спасение мира. Над привилегированными жителями "Атласа" и бедняками, выжившими в лесах Токио, нависла серьезная опасность, и только Кунико со своей командой может обнаружить способ предотвратить грозящее бедствие. В ходе своего приключения они сталкиваются с множеством препятствий, разоблачают древние тайны и пытаются найти способ спасти мир от неминуемой угрозы.